文森特（罗伯特·席安RobertSheehan饰）是一名图雷特综合症患者，照顾她的母亲去世之后，文森特那久未谋面的父亲出现，将儿子送往了治疗中心，交给了在那里工作的罗斯医生（凯拉·塞吉维克KyraSedgwick饰）。在治疗中心内，文森特结识了艾利克斯（戴夫·帕特尔DevPatel饰）和玛丽（佐伊·克拉维兹ZoeKravitz饰），前者患有强迫症，后者则是一名厌食症患者。同为病患，三位青年之间结下了坚实的友谊，某日，他们偷走了罗斯医生的车，驱车前往海边悼念文森特的母亲。发现了文森特一行人的“越狱”行为，罗斯医生和文森特的父亲当即联手，对三名“逃犯”进行“追捕”。

1978年夏天，由臭名昭著的真实越狱事件改编。罪犯加里·蒂松和兰迪·格里纳沃特，与三个儿子接应，从亚利桑那州立监狱越狱，逃亡新墨西哥州，一路上杀人灭口，最终落入法网。

谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……

故事围绕伦勃朗(基顿饰)和安娜(李美琪饰)展开，这两个世界上最顶级的杀手将揭露一段发生在越南的神秘往事。多年来，他们游遍全球来互相争夺最抢手的合同。但当安娜的导师穆迪(杰克逊饰)被谋杀时，她和伦勃朗必须结盟，返回越南追捕凶手。